Projektová činnosť

Medzinárodné

CHINMEDAMY – Identifikácia a mechanizmus účinku malých molekúl využívaných v tradičnej čínskej medicíne na liečbu Alzheimerovej choroby
Discovery and Mechanism of Small Molecule Compounds from Traditional Chinese Medicine for treatment of Alzheimer \’s Disease
Program: Bilaterálne – iné
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Doba trvania: 1.1.2018 – 31.12.2019
NGP-NET – Neglobulárne proteíny – od sekvencie ku štruktúre, funkcii a aplikácii v molekulárnej fyziopatológii
Non-globular proteins – from sequence to structure, function and application in molecular physiopathology
Program: COST
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Anotácia: Neglobulárne proteíny (NGPs) zahŕňajú rôzne molekulové javy, ktoré odporujú tradičnej paradigme sekvencia – štruktúra – funkcia proteínu. NPGs obsahujú prirodzene neusporiadané úseky, tandemové úseky, domény agregácie, sekvencie s nízkou komplexnosťou a transmembránové domény. Aj keď stále viac dôkazov naznačuje, že NGPs hrajú ústrednú úlohu v mnohých ľudských ochorení, o ich funkcii vieme veľmi málo. Lepšiemu pochopeniu úlohy NGPs v ľudskej fyziopatológii bránil málo systematický výskum v tejto oblasti. Projekt si kladie za úlohu vytvoriť pan-európsku sieť vedeckých skupín, ktoré sa venujú NGPs s cieľom lepšej koordinácie a posilnenia výskumu v tejto oblasti. V rámci projektu bude na základe dohody zainteresovaných odborníkov vytvorená nová klasifikácia NGPs Prezentovaná bude pomocou novovytvorených webových stránok, spoločných stretnutí, vedeckých dielní zameraných na tematiku NGPs.
Web stránka projektu: http://www.cost.eu/COST_Actions/bmbs/BM1405
Doba trvania: 27.7.2015 – 25.3.2019
Účinok malých molekúl a nanočastíc na amyloidnú agregáciu poly/peptidov
Effect of small molecules and nanoparticles on amyloid aggregation of poly/peptides
Program: Bilaterálne – iné
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Anotácia: Projekt je zameraný na štúdium samo-zbaľovania proteínov do štruktúry amyloidných agregátov, ktoré sú jedným z charakteristických znakov Alzheimerovej choroby, ako aj iných amyloidných ochorení. Vzhľadom na to sa v celom svete venuje veľká pozornosť identifikácii látok, ktoré sú schopné ovplyvniť amyloidnú agregáciu proteínov s cieľom vyvinúť účinnú liečbu amyloidných ochorení. Hlavnými cieľmi projektu je stanovenie podmienok, pri ktorých dochádza k nesprávnemu zbaleniu proteínov, určenie cytotoxicity amyloidných agregátov a pomocou in vitro a in silico metód identifikovať látky (nízkomolekulové látky, nanočastice), ktoré budú schopné inhibovať agregáciu proteínov. Bilaterálna spolupráca umožní obom stranám navzájom využiť svoje znalosti a skúsenosti v oblasti agregácie proteínov a dovolí tak získať komplexné dáta, ktoré umožnia lepšie porozumieť mechanizmu amyloidnej agregácie. Použitie prístrojového vybavenia oboch inštitúcií poskytne pre členov výskumného tímu veľmi dobrý základ pre publikovanie výsledkov v renomovaných časopisoch a ich prezentáciu na konferenciách. Okrem toho, spoločný výskum predstavuje výbornú príležitosť pre mladých členov výskumného tímu naučiť sa nové techniky vo veľmi dobre vybavených laboratóriách na NTU a na SAV, a taktiež pracovať s v rámci medzinárodnej výskumnej skupiny.
Doba trvania: 11.1.2016 – 31.12.2018
ChinherbAD – Využitie multitargetových nízkomolekulových látok z tradičných čínskych bylín pri liečbe Alzheimerovej choroby
The multitarget low molecular compounds from traditional Chinese herbs in treatment of Alzheimer´s disease
Program: Bilaterálne – iné
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Anotácia: Alzheimerova choroba (AD) je smrteľné neurodegeneratívne ochorenie, pri ktorom dochádza ku viacerým patologickým javom ako sú napr. zápalové procesy neurónov, zníženie hladiny neurotransmitera acetylcholínu či tvorba amyloidných depozitov – amyloidných plakov z Abeta peptidu a neurofibrilárnych klbiek obsahujúcich abnormálne posttranslačne modifikovanú formu proteínu tau. V súčasnosti neexistuje účinná liečba AD a žiadny zo súčasne klinicky testovaných liekov nemá schopnosť úplne zastaviť, podstatne oddialiť alebo zvrátiť progresívne dôsledky tohto ochorenia. Celosvetovým záujmom je preto čo najviac urýchliť vývoj nových liekov proti AD. V súčasnej dobe sa javí stratégia tzv. „multi-targetových“ ligandov, ktoré sú schopné interagovať s viacerými procesmi zodpovednými za patogenézu ochorenia, veľmi atraktívnou formou efektívnej terapie AD. Hlavným cieľom tohto projektu je preskúmať multitargetové vlastnosti zlúčenín extrahovaných z tradičných čínskych bylín ako potenciálnych terapeutík pre liečbu AD. Použitím in vitro, in vivo a in silico metód budeme študovať schopnosť týchto zlúčenín ovplyvniť zápalové procesy, schopnosť inhibovať acetylcholínesterázovú aktivitu a amyloidnú agregáciu Abeta peptidu. Bilaterálna spolupráca umožní obom výskumným skupinám spojiť svoje odborné znalosti a skúsenosti v oblasti štúdia patológie Alzheimerovej choroby. Komplementárny prístup dovolí získať komplexnejšie údaje, ktoré by mohli viesť k navrhnutiu alternatívnych spôsobov liečby tohto neurodegeneratívneho ochorenia. Okrem toho, projekt umožní vzájomné využitie zariadení a prístrojov oboch inštitúcií. Pre mladých členov tímu poskytuje možnosť naučiť sa nové techniky v dobre vybavených laboratóriách Ústavu experimentálnej fyziky Slovenskej akadémie vied a Východočínskej univerzity vedy a technológie, a tiež pracovať v medzinárodnom vedeckom tíme.
Doba trvania: 1.1.2016 – 31.12.2017
AMYTOX – Štúdium amyloidogénnych proteínov a ich cytotoxicity
Investigation of the amyloidogenic proteins in relationship with their cytotoxic effect
Program: Bilaterálne – iné
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Doba trvania: 1.1.2013 – 31.12.2014
LYSACELL – Štúdium amyloidnej agregácie lyzozýmu in vitro a analýza vplyvu agregácie na prežívanie buniek
Investigation of the lysozyme amyloid aggregtiion using in vitro assays and analysing its effects on cell viability and proliferation
Program: Bilaterálne – iné
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Anotácia: Projekt je zameraný na výskum tvorby proteínových amyloidných agregátov, ktoré sú sprievodným znakom mnohých závažných chorôb. Amyloidóza je choroba, ktorá je spojená s poruchami zbaľovania proteínov, pri ktorej bežne rozpustný proteín podlieha konformačnej zmene, ktorá vedie ku vzniku abnormálnych amyloidných fibríl lokalizovaných v amyloidných depozitoch. Napríklad, prítomnosť depozitov tau proteínu je charakteristická pre neurodegeneratívne choroby ako je Alzheimerova choroba, depozity lyzozýmových fibríl sa zase vyskytujú pri systémovej lyzozýmovej amyloidóze.Jedným z cieľov projektu je charakterizovať podmienky spôsobujúce konformačné zmeny proteínov, ktoré vedú k vzniku amyloidných agregátov. ďalej sa zameriame na štúdium vplyvu amyloidných štruktúr (rozpustných aj nerozpustných) na prežívanie a rast buniek a na analýzu ich vplyvu na fázy bunkového cyklu a apoptické procesy. Značnú pozornosť budeme venovať identifikácii molekúl a molekulových komplexov schopných efektívne inhibovať alebo deštruovať amyloidnú polymerizáciu a budeme študovať ich toxicitu.
Doba trvania: 3.1.2011 – 31.12.2012
PROtein interactions monitored by multi-parameter Field Effect Transistors
Program: 7RP
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Doba trvania: 1.1.2010 – 1.1.2010

Národné

MULTIHIT – Multifunkčné inhibítory poly/peptidov spojených s Alzheimerovou chorobou
Multi-target inhibitors of poly/peptides associated with Alzheimer´s disease
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Doba trvania: 1.7.2019 – 1.6.2023
Nadmolekulárne komplexy proteínov – konformačné prechody, stabilita a agregácia
Supramolecular complexes of proteins – conformational transitions, stability and aggregation
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Fedunová Diana PhD.
Anotácia: Agregácia proteínov a ich samo-usporiadanie do nadmolekulárnych komplexov je súčasťou mnohýchbiologických procesov. Vznik fibrilárnych agregátov – amyloidov je sprievodným javom rôznych ochorení. Amyloidné fibrily sa zúčastňujú aj fyziologických procesov v bunke a testujú sa aj ako potenciálne biomateriály. Projekt je zameraný na štúdium vplyvu dvoch tried kosolventov na amyloidnú agregáciu štruktúrne odlišnýchpolypeptidov – globulárneho lyzozýmu a prirodzene neusporiadaného Aß peptidu. Cieľom projektu je nájdenie vzťahu medzi vlastnosťami kosolventov a ich účinku na konformáciu a stabilitu polypeptidov, na kinetiku tvorby amyloidných agregátov a morfológiu amyloidných fibríl. Určenie týchto vzťahov je dôležité pre pochopenie všeobecného mechanizmu amyloidnej agregácie a môže napomôcť pri navrhovaní nových liečiv proti amyloidným ochoreniam, pri identifikácii štruktúrnych motívov fibríl zodpovedných za patologický účinok, ako aj pri biotechnologickom využití amyloidných fibríl ako nových materiálov.
Doba trvania: 1.1.2018 – 31.12.2021
Samousporiadanie poly/peptidov do amyloidných agregátov – mechanizmus, inhibícia a cytotoxicita
Self-assembly of poly/peptides into amyloid aggregates – mechanism, inhibition and cytotoxicity
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Anotácia: Amyloidné supramolekulárne komplexy vytvárané poly/peptidmi patria medzi najrozšírenejšie prirodzene sa vyskytujúce systémy podliehajúce procesu samozbaľovania. Tento proces ovplyvňujúci ich funkciu sa spája s viac ako 30 závažnými amyloidnými ochoreniami medzi ktoré patrí aj Alzheimerova choroba a diabetes mellitus.Doteraz nie je známy presný mechanizmus amyloidného samousporiadania poly/peptidov a neexistuje účinná liečba amyloidných ochorení. Cieľom projektu je štúdium mechanizmu amyloidnej agregácie polypeptidov s rozdielnou natívnou štruktúrou a identifikácia inhibítorov samozbaľovania poly/peptidov, keďže inhibícia tvorby amyloidných štruktúr predstavuje jeden z možných terapeutických prístupov pri amyloidózach. Zameriame sa aj na určenie korelácie medzi morfológiou amyloidných agregátov a ich cytotoxicitou ako aj medzi štruktúrnymi vlastnosťami efektívnych inhibítorov a ich anti-amyloidnou aktivitou.
Doba trvania: 1.1.2017 – 31.12.2020
Štúdium stability a agregácie natívne rozbalených proteínov
Study of the intrinsically disordered protein stability and aggregation
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Fedunová Diana PhD.
Anotácia: Natívne rozbalené proteíny (IDPs) – proteíny, ktoré za fyziologických podmienok nemajú stabilnú usporiadanú štruktúru – sú v strede záujmu najmä pre ich účasť pri neurodegeneratívnych ochoreniach. Pri Alzheimerovej chorobe dochádza k hromadeniu depozitov amyloidných plakov a neurofibrilárnych zhlukov tvorených fibrilamiA-beta a tau proteínu. Vzrastajúce množstvo údajov naznačuje, že práve menšie oligoméry sú toxickejšie než amyloidné fibrily. Predkladaný projekt je orientovaný na štúdium vplyvu vonkajších podmienok (pH, teplota, iónová sila, hydrofobicita) a rôznych látok (denaturanty, osmolyty a polyanióny) na konformáciu A-beta a tauproteínu a kinetiku ich oligomerizácie. Ďalším cieľom je určenie ako veľkosť oligomérov a ich kinetika ovplyvňuje morfológiu vzniknutých amyloidných fibríl.
Doba trvania: 1.1.2014 – 31.12.2017
Inhibitors of protein amyloid aggregation
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Anotácia: Amyloidná agregácia výrazne ovplyvňuje vlastnosti poly/peptidov, ktoré sa organizujú do vysoko usporiadaných amyloidných agregátov. Zohráva významnú úlohu pri závažných ochoreniach(napr. diabetes typu II, Alzheimerova choroba) a predstavuje tiež vážne obmedzenia pre aplikáciu liečiv na báze peptidov. Doteraz nie je známy podrobný mechanizmus vzniku amyloidného samousporiadania, nedostatočné sú údaje o efektívnom spôsobe jeho redukcie. Hlavným cieľom projektu je štúdium a objasnenie procesuamyloidnej agregácie proteínov a identifikácia aktívnych látok (nízkomolekulárne látky, nanočastice), ktoréefektívne inhibujú amyloidné samousporiadanie. Takéto látky predstavujú základ pre rozvoj terapeutík vhodných na liečenie amyloidných ochorení. Bude určená korelácia medzi vlastnosťami aktívnych látok a ich anti-amyloidnou aktivitou. Pomocou experimentálnych a matematických metód určíme väzobné miesta aktívnych látok a navrhneme model mechanizmu viazania aktívnych látok.
Doba trvania: 1.1.2013 – 31.12.2016
Výpočtové prístupy štúdia štruktúry, zbaľovania a interakcií biopolymérov
Computational approaches to study structure, folding and interactions of biopolymers
Program: Podpora MVTS z prostriedkov SAV
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Kožár Tibor CSc.
Doba trvania: 1.1.2011 – 31.12.2013
Dobudovanie centra pre kooperatívne javy a fázové prechody v nanosystémoch s pespektívou využitia v nano- a biotechnológiách
Program: Štrukturálne fondy EÚ Výskum a vývoj
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Kopčanský Peter CSc.
Doba trvania: 1.4.2010 – 31.3.2013
Amyloidná agregácia proteínov
Amyloid aggregation of proteins
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Anotácia: Amyloidná agregácia proteínov je charakteristická pre niekoľko ľudských chorôb, ktoré sa označujú spoločným názvom amyloidné ochorenia (diabetes typu II, Alzheimerova choroba, priónové ochorenia), predstavuje tiež vážne obmedzenia pre farmaceutické a biotechnologické využitie proteínov. Predkladaný projekt je orientovaný na charakterizáciu intramolekulárnych a intermolekulárnych interakcií nenatívnych stavov proteínov, ktoré vedú ku ich samovoľnému usporiadaniu do amyloidných agregátov s cieľom prispieť k určeniu spoločných mechanizmov, ktoré sú pre tvorbu amyloidných štruktúr nevyhnutné. Významným cieľom projektu je identifikácia aktívnych látok (nízkomolekulárne látky, nanočastice, molekulárne komplexy), ktoré budú schopné redukovať množstvo proteínu v agregovanej forme. Takéto látky predstavujú základ pre rozvoj terapeutík vhodných na liečenie amyloidných ochorení.
Doba trvania: 1.1.2010 – 31.12.2012
Vývoj tecnologických postupov magnetických kvapalín pre biomedecínske účely
Program: Štrukturálne fondy EÚ Výskum a vývoj
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Kopčanský Peter CSc.
Doba trvania: 1.1.2010 – 30.6.2012
Komplexy biomakromolekúl s nanočasticami
Biomacromolecule complexes with nanoparticles
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: prof. Ing. Antalík Marián DrSc.
Anotácia: Nanočastice patria k veľmi perspektívnym objektom v oblasti biologických a medicínskych aplikácií.Predkladaný projekt je orientovaný na výskum vlastností nanočastíc tvorených z kovových atómov a oxidovniektorých kovov ako aj na štúdium ich interakcií s biologickými objektmi na molekulárnej úrovni. Cieľomvýskumu bude pripraviť nanočastice pokryté rôznymi molekulami s využitím najmä sírových mostíkov,charakterizovať ich vlastnosti ako samostatných objektov ako aj ich komplexov s biomakromolekulami. Chcemeprispieť k pochopeniu ako vplýva veľkosť a tvar základného kovového jadra nanočastice s rôzne modifikovanýmpovrchom týchto objektov na interakcie s biomakromolekulami.
Doba trvania: 1.1.2009 – 31.12.2011
Agregácia proteínov a identifikácia inhibítorov agregácie
Protein aggregation and identification of aggregation inhibitors
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana CSc.
Anotácia: Projekt je zameraný na získanie nových poznatkov týkajúcich sa zbaľovania a agregácie proteínov s dôrazom na skutočnosť, že existencia proteínových depozitov je jedným z hlavných znakov mnohých veľmi vážnych chorôb. Agregácia proteínov je problémom aj v biomedicínskom a biotechnologickom využití proteínov. Projekt sa zaoberá skúmaním súvislostí medzi rôznymi konformačnými stavmi proteínov a ich tendenciou agregovať. Pre tento účel budú použité proteíny spojené s chorobami (lyzozým, tau) ako aj modelové proteínové systémy (cytochróm c, myoglobín, polyaminokyseliny). Hlavný dôraz bude daný na identifikáciu inhibitorov proteínovej agregácie, pričom sa zameriame hlavne na nízkomolekuláme látky.
Doba trvania: 1.1.2007 – 31.12.2009